Durante esta época, las obras de ampliación del manicomio continuaron de forma imparable. El aumento constante del censo de pacientes atendidas exigía el acondicionamiento de nuevos pabellones en los que acoger a las nuevas enfermas que iban ingresando.
En 1932 se construyó un pabellón de una planta, adosado al del Sagrado Corazón, en el que se instalaron los servicios para pensionistas particulares. Era el Pabellón de Santa Teresa que más tarde se destinaría a religiosas hospitalizadas.
Entre 1932 y 1933 se construyó también el Pabellón de Santa Isabel, destinado a la atención de enfermas de Gipuzkoa en régimen de reeducación y readaptación. Se encontraba entre los pabellones de San Rafael y San Juan de Dios.
Vista general de Santa Águeda en 1948
Por otra parte, también en esta época se produjo una innovación tecnológica importante. Gracias a una subvención de la Diputación de Gipuzkoa, en 1933 se instaló en el pabellón de agudas una sala de balneoterapia con las características más avanzadas de la época. Sobre el antiguo edificio del manantial de aguas sulfurosas, en 1939 se edificó un pabellón en el que se dispusieron los despachos médicos, los gabinetes oftalmológico y odontológico, la farmacia y el laboratorio general, que estaba dotado con los medios más avanzados tanto para realizar análisis como investigación.
La situación socioeconómica de la época hacía que resultara difícil adquirir productos de primera necesidad por lo que el Hospital Aita Menni tendió a una forma de autarquía o de autoabastecimiento de alimentos, tanto a través del cultivo de las tierras como de la cría de ganado. En 1945, el Hospital Aita Menni adquirió terrenos de labranza como prados y arbolados, para cultivar alimentos y para producir pastos para el ganado. En 1946 se edificaron en estos terrenos una vaquería y una granja avícola en cuya explotación se ocuparon muchas enfermas de acuerdo con el concepto de terapéutica ocupacional que para entonces ya había calado hondo en Santa Águeda.